Hugo Morales llegó a Lanús a mediados de 1995 y rápidamente pasó a ocupar un lugar central en uno de los mejores equipos del club durante la década del noventa. Enganche de buena técnica, capacidad para conducir y llegada al gol, formó parte del conjunto dirigido por Héctor Cúper que sostuvo campañas de protagonismo en Primera División y conquistó en 1996 el primer título internacional de la institución. Morales se había formado y consolidado en Huracán. Allí fue dirigido por Cúper y formó parte del equipo que peleó el Clausura de 1994 hasta la última fecha. Cuando el entrenador asumió en Lanús para el Apertura de 1995, el mediocampista fue una de las incorporaciones para el nuevo ciclo. Su debut con la camiseta granate se produjo el 7 de agosto de 1995, en el comienzo del Torneo Apertura. Lanús venció 1-0 a Platense y Morales fue titular. Aquel campeonato terminó con el Granate en los primeros puestos y fue el inicio de una etapa de marcada regularidad: el equipo de Cúper terminó tercero en el Apertura 1995, el Clausura 1996 y nuevamente en el Apertura 1996. En ese mediocampo, Morales convivió con futbolistas como Cravero, Ariel Ibagaza y Coyette. Su función estaba principalmente vinculada a la creación de juego, aunque también tenía capacidad para llegar al área y rematar desde media distancia. Ese rendimiento en Lanús coincidió con su llegada a la Selección Argentina. En 1996 integró el seleccionado que obtuvo la medalla de plata en los Juegos Olímpicos de Atlanta y también fue convocado al combinado mayor conducido por Daniel Passarella. El punto más alto de aquella primera etapa fue la Copa Conmebol de 1996. Lanús eliminó sucesivamente a Bolívar, Guaraní y Rosario Central antes de disputar la final frente a Independiente Santa Fe. Morales participó en cinco encuentros de aquella campaña y fue titular en el partido decisivo del 4 de diciembre en Bogotá. El Granate había ganado 2-0 la ida en su estadio y, pese a caer 1-0 en El Campín, sostuvo la diferencia global y se consagró campeón. Fue el primer título internacional en la historia del Club Atlético Lanús. Al año siguiente, el equipo volvió a alcanzar la final de la Copa Conmebol, aunque esta vez no pudo repetir el título ante Atlético Mineiro. Para entonces Morales también había ganado espacio en la Selección Argentina y participaba de las Eliminatorias rumbo al Mundial de Francia 1998. Ese recorrido quedó interrumpido en octubre de 1997 por un serio problema de salud que requirió una operación y un tratamiento posterior, alejándolo de la actividad durante aproximadamente siete meses. Su regreso quedó incorporado a la memoria deportiva del club. El 6 de mayo de 1998, Lanús recibió a San Lorenzo por la 15ª fecha del Torneo Clausura. El equipo de Mario Gómez peleaba los primeros puestos y Morales comenzó el encuentro entre los suplentes. Ingresó durante el segundo tiempo por Gonzalo Belloso, con el partido igualado 1-1. A los 90 minutos convirtió el 2-1 definitivo ante Oscar Passet. El episodio tuvo además una importancia deportiva concreta. Lanús estaba disputando el campeonato y aquella victoria le permitió continuar en la pelea por el título. El equipo finalmente terminó segundo detrás de Vélez, con 40 puntos, en la que entonces fue la mejor campaña del club en un torneo corto. Para Morales, además, aquel gol significó volver a competir oficialmente después de meses apartado de las canchas. Permaneció en Lanús hasta 1999, cuando continuó su carrera en el Tenerife de España. Allí jugó tanto en Primera como en Segunda División y formó parte del equipo que consiguió el ascenso a la máxima categoría española en 2001. Su trayectoria posterior también incluyó pasos por Independiente, Atlético Nacional y Millonarios de Colombia y Universidad Católica de Chile. En 2003 tuvo una segunda etapa en Lanús. Su regreso se produjo para disputar el Torneo Clausura, aunque ya sin la continuidad de sus primeros años en el club. Su último partido con la camiseta granate fue el 29 de junio de 2003, frente a Arsenal.

Su lugar dentro de la historia de Lanús está especialmente asociado al equipo de mediados de los años noventa: fue integrante de los planteles que instalaron al club entre los protagonistas de Primera División, participó de dos finales consecutivas de la Copa Conmebol y fue campeón de la edición de 1996. A esa trayectoria se suma el regreso ante San Lorenzo en 1998, uno de los partidos más recordados de su carrera y de aquella etapa del club.